主要可能是因为以下几种原因：

1、可能是发送的SQL语句太长，以致超过了max_allowed_packet的大小，如果是这种原因，你只要修改my.cnf，加大max_allowed_packet的值即可。

2、可能是因为某些原因导致超时，比如说程序中获取数据库连接时采用了Singleton的做法，虽然多次连接数据库，但其实使用的都是同一个连接，而且程序中某两次操作数据库的间隔时间超过了wait_timeout（SHOW STATUS能看到此设置），那么就可能出现问题。最简单的处理方式就是把wait_timeout改大，当然你也可以在程序里时不时顺手mysql_ping()一下，这样MySQL就知道它不是一个人在战斗。

解决MySQL server has gone away

1、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。最常见的就是采集或者新旧数据转化。

解决方案： 在my.cnf文件中添加或者修改以下两个变量： wait_timeout=2880000 interactive_timeout = 2880000 关于两个变量的具体说明可以google或者看官方手册。如果不能修改my.cnf，则可以在连接数据库的时候设置CLIENT_INTERACTIVE，比如： sql = “set interactive_timeout=24*3600″; mysql_real_query(…)

2、执行一个SQL，但SQL语句过大或者语句中含有BLOB或者longblob字段。比如，图片数据的处理

解决方案： 在my.cnf文件中添加或者修改以下变量： max_allowed_packet = 10M(也可以设置自己需要的大小) max_allowed_packet 参数的作用是，用来控制其通信缓冲区的最大长度。